معاونت علمی، چشم‌انداز و مأموریت خود را در افق سال 1409 به شرح ذیل تعریف نموده و برای تحقق آن، برنامه‌های عملیاتی لازم را در قالب برنامه‌های کوتاه‌مدت و بلندمدت در نظر گرفته است.

چشم انداز:

دستیابی به جایگاه برتر در میان نهادهای ملی مشابه، با تکیه بر معیارهای معتبر علمی، خدمات آموزشی و اعتماد اجتماعی.

مأموریت:

تربیت نیروی انسانی متعهد و متخصص در راستای توسعه برنامه ‌های علمی و خدمات آموزشی، مطابق با معیارهای ملی و بین‌المللی در کشور.

ارزش‌های اساسی (اصول بنیادین)

معاونیت علمی، اصول و ارزش‌هایی را دنبال می‌نماید که با ارزش‌های انسانی، اسلامی و ملی همسو بوده و به‌عنوان اصول تغییرناپذیر این معاونیت شناخته می‌شوند:

• • اخلاق و کرامت انسانی؛
  • علم‌محوری؛
  • محصل محوری؛
  • حفظ منزلت منابع انسانی، به‌ویژه کادر علمی پوهنتون؛
  • کیفیت‌گرایی و شایستگی علمی؛
  • حفظ و توسعه سرمایه انسانی؛
  • تعامل فعال با محیط.