معاونت اداری – مالی به‌عنوان یکی از ارکان اساسی پوهنتون خاتم‌النبیین ^(ص)، مسئولیت تأمین زیرساخت‌ها، امکانات و بسترهای لازم برای تحقق فعالیت‌های آموزشی، پژوهشی و اداری را بر عهده دارد. همچنین طراحی، سازمان‌دهی و توسعه یک نظام اداری کارآمد و اثربخش به‌منظور تحقق اهداف و مأموریت‌های پوهنتون از وظایف اصلی این معاونت به شمار می‌رود.

این معاونت می‌کوشد با بهره‌گیری از یک ساختار مدیریتی منسجم، شفاف و بهینه در حوزه‌های اداری و مالی، محیطی سالم، پویا و انعطاف‌پذیر فراهم سازد تا اعضای هیئت علمی، کارمندان و محصلان بتوانند در فضایی مناسب به فعالیت‌های علمی و آموزشی خود بپردازند.